在计算公司终止合同的赔偿金额时，通常是以劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资为基础。这个“平均工资”是包括加班费的。因此，赔偿金额不应剔除加班费部分。如果公司试图剔除加班费来计算赔偿，这可能违反了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定。所以，你可以放心，合法的赔偿金额是会考虑到你的加班费的。希望这个解释能帮助你更好地理解这个问题。